直到后来三大宇宙级文明注意到了这个问题的严重性之后，三大宇宙级文明才特别注重起了对和上古文明交战过的舰队成员的安置问题。
一开始出于对上古文明灵魂病毒的巨大恐惧，哪怕是需要付出极其巨大的代价，三大宇宙级文明也都是拼着受到舰队反噬的风险，将一支支和上古文明一方的势力进行过作战的舰队彻底隔离开，将它们放逐在那些被封锁星域之中。
但是这样一来不但是极其浪费，等于说是将一支支宝贵的作战力量当成一次性的用品消耗掉，内部需要承受军方系统的巨大压力不说，这些被放逐出去的作战舰队在被封锁星域之中待久了，也往往都成为了宇宙级文明安全上的隐患。
在那个时期之中，不知道有多少被放逐出去的舰队，后来适应了被封锁星域之中的环境，然后走向了宇宙级文明的对立面，甚至成为了一支支势力庞大的叛军。
最终因为这种后期安置方式太过于不人道化，宇宙级文明内部军方怨声载道，再加上投入到叛军阵营之中的那些宇宙级文明原军方舰队也给与了宇宙级文明太大的作战压力，考虑到如果不改变安置办法的话，这些原本隶属于宇宙级文明的部队最后恐怕都将会走向宇宙级文明的对立面，进而造成敌人越打越多的局面。所以三大宇宙级文明不得不慢慢地开始探讨新的作战舰队的安置办法。
不过这个议题虽然进入到了三大宇宙级文明的探讨序列之中，但是在初期没有解决灵魂病毒的致命性安全问题，合适的部队后期安置方案却是迟迟没有能够出炉，那时候哪怕明知道把部队用过就扔是一种非常危险的办法，但是为了保障整个文明的安全，三大宇宙级文明还是不得不饮鸩止渴。
后来直到宇宙级文明在和上古文明的对抗中发现了灵魂病毒的一些潜在特性，察觉到了上古文明想要激活灵魂病毒必须要接近病毒感染体一定范围之内的限制之后，三大宇宙级文明才一定程度上降低了对上古文明灵魂病毒的恐惧，对那些参与和上古文明作战的舰队有了新的安置办法。
当时所有的和上古文明势力进行过战斗的舰队，在完成相关任务回归之后，都会立刻被强制退役，然后所有参战人员被强行安置在一些特定的星域的腹心地带之中，让这些舰队官兵能够远离上古文明灵魂体的影响，以此来确保宇宙级文明自身的安全。
不过这些被安置了参战舰队成员的星域，本身也都是一些有着上古文明安全隐患的星域，只不过是上古文明灵魂体的活动不够明显，没有被三大宇宙级文明列入到被封锁星域的范围罢了，但是事实上这些星域和其他宇宙级文明内部星域的联系还是被大大限制了，人员交流更是几乎不可能。
可以说所有的宇宙级文明的参战部队在这一时期同样也都是破受委屈的，参与到类似的任务之中就等于是已经做好了牺牲的准备，但是三大宇宙级文明好歹是没有像以前那样把这些舰队的官兵当成一次性的用品那样用完就扔，在这些舰队成员退役之后宇宙级文明还赋予了这些舰队成员们几倍的退役抚恤，总算是一定程度上压下了军方内部的反对声音。
不过这种安置措施显然也只是暂时性的举措，因为这种安置办法始终是不能够一劳永逸得解决掉参战部队成员的病毒隐藏隐患的，将这些舰队成员迁徙到某些特定星域之中，这不啻于是一些不稳定的炸弹，一旦时机到来就可能会轰然爆炸，引发一场致命的危机。
所以后来为了减少感染士兵的快速增加，三大宇宙级文明都快速启动了舰队减员的计划，大量增加舰船内部的智能机器人的存在，辅助舰船驾驶，每艘飞船之中只保留极少数舰员。
虽然这样一来舰队的作战能力不可避免的受到了一定的影响，但是对于宇宙级文明来说，相比于后期安置上的麻烦来说，这种战力上的牺牲显然是非常值得妥协的。
再加上后续在和上古文明的作战之中，三大宇宙级文明慢慢地汲取到了大量的经验，形成了体系化的应对措施，已经基本上可以断绝上古文明灵魂体向宇宙级文明内部星域渗透的可能，所以这些舰员们可能携带着一定的灵魂病毒，并会对其他个体造成感染的隐患才一定程度上减少了被引爆而风险。
但是即便是如此，三大宇宙级文明对于参战的士兵其实也已经是保持着一定的防范的，对他们一直都有着专门的后期安置措施。
那些多次参加和上古文明所属势力的战斗，并且没有在作战中死亡的士兵，在退役后都会被安置在某些固定的星球之中，需要的话甚至可以将他们的家人都一起迁徙过来。不过宇宙级文明会限制这些士兵们向宇宙级文明内部其他核心星域旅游、迁徙的行动，防的就是灵魂病毒的进一步扩散。
毕竟在三大宇宙级文明看来，灵魂病毒这种不可捉摸的巨大隐患虽然暂时来看是被一定程度上驯服了，但是谁也说不清楚什么时候这个巨大的隐患会不会进一步爆发。
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